Struktura O.T.O. je podobna kot pri prostozidarjih in ostalih starodavnih misterijskih šolah, na katere se navezuje O.T.O. (gl.: zgodovina O.T.O.). Temelji na vrsti zaporednih iniciacij ali stopenj, katere iniciat prejme z določenim obredom iniciacije, za vsako stopnjo posebej. V teh obredih iniciacije je kandidat ali kandidatka s prispodobami in simboli podučen/a o globjih skrivnostih bivanja, s čimer mu/ji pripomoremo pri odkrivanju njegove ali njene prave narave. 

Vse znanje reda je podano v skrivnostih naslednjih stopenj: 

0° Minerval
I° M .
II° M . .
III° M:.
P:.M:.
IV° Spremljevalec Svetega Kraljevskega Svoda Enoha
Princ Jeruzalema
Vitez Vzhoda in Zahoda
V° Samostojni Princ Rožnega Križa (Vitez Pelikana in Orla) 
član Senata Viteških Hermetičnih Filozofov, Vitezi Rdečega Orla
VI° Sijajni Vitez (Templar) Reda Kadosch in Spremljevalec Svetega Graala 
Veliki Inkvizitor Poveljnik, član Velikega Sodišča
Princ Kraljevske Skrivnosti
VII° Presvetli Samostojni Veliki Splošni Inšpektor
član Vrhovnega Velikega Zbora
VIII° Popoln Visok Svečenik Razsvetljencev
IX° Iniciat Svetišča Gnoze

Vsak moški in vsaka ženska, ki je polnoletna, svobodna in dobrega slovesa, ima nesporno pravico do prvih treh Stopenj O.T.O. Stopnje si sledijo po simbolizmu, ki temelji na sistemu čaker in dvigovanju kundalini, v dramatizirani obliki pa predstavljajo človekovo pot proti večnosti. Na višjih stopnjah člani prejmejo instrukcije iz hermetečne filozofije, kabale, magike in joge, vse s ciljem pripraviti iniciata na odkritje in aplikacijo njegove vrhunske umetnosti.